Terletak berhampiran khatulistiwa, iklim Malaysia dikategorikan sebagai iklim khatulistiwa, panas dan lembap sepanjang tahun. Purata hujan adalah 250 sentimeter (98 in) setahun[5] dan suhu rata-rata 27 °C (80.6 °F).[6] Iklim Semenanjung dan Timur Malaysia berbeza, kerana iklim di semenanjung secara langsung dipengaruhi oleh angin dari daratan, berbanding dengan cuaca yang lebih maritim di Timur. Malaysia terdedah kepada kesan El Niño, yang mengurangkan hujan pada musim kemarau. Perubahan iklim kemungkinan besar akan mempengaruhi Malaysia, meningkatkan permukaan laut dan curah hujan, meningkatkan risiko banjir dan mengakibatkan kemarau besar.[7]

Malaysia menghadapi dua musim angin monsun, Monsun Barat Daya dari akhir Mei hingga September, dan Monsun Timur Laut dari Oktober hingga Mac. Monsun Timur Laut, yang berasal dari China dan Pasifik utara, membawa lebih banyak hujan berbanding Monsun Barat Daya, yang berasal dari padang pasir Australia.[8] Mac dan Oktober membentuk peralihan antara dua monsun.[7]